La sezione sistematica segue criteri di allestimento più tradizionali e complementari rispetto a quelli adottati per "Ambiente Terra". Vengono esposti più reperti, rappresentativi delle varie forme mineralogiche e dei principali gruppi zoologici esistenti, per fornire un'ampia panoramica della diversità geologica e biologica del nostro mondo e dei rapporti evolutivi fra i vari gruppi di animali.
Accanto a due vetrine dedicate ai minerali, comprese le affascinanti rocce fluorescenti che rivelano la propria luminosità solo al buio e dopo stimolazione con luce ultravioletta, sono presenti tre vetrine dedicate agli invertebrati non Artropodi, in cui, partendo dalle spugne, i più primitivi organismi pluricellulari esistenti, si risale via via nella scala evolutiva per giungere fino agli Echinodermi ed ai Cordati non vertebrati.
Due vetrine sono dedicate all'ampissima gamma degli Artropodi che, in particolare grazie agli Esapodi (comunemente noti come Insetti), raccolgono in tutti gli ecosistemi terrestri del mondo il maggior numero di specie, di individui e la maggiore biomassa complessiva rispetto a tutti gli altri organismi viventi.
Fra i Vertebrati, una vetrina porta esempi di Pesci, Anfibi e Rettili, altre tre sono dedicate ai Mammiferi. Grande spazio è riservato agli Uccelli: quelli esposti rappresentano solo una frazione delle ampie raccolte ornitologiche in possesso del Museo.
Spiccano fra i molti reperti numerosi esemplari di provenienza esotica (Molluschi giganti, ragni tropicali, caimani, colibrì, uccelli lira, ecc.), prezioso patrimonio ereditato dai fondatori del museo, e alcune preparazioni risalenti al XIX secolo, come i condor con agnello, che impressionano per la cura dei dettagli e per l'eccellente stato di conservazione.