Citizen science: progetti di coinvolgimento attivo dei cittadini nella ricerca scientifica.
Serate naturalistiche: il Museo organizza ogni anno, di solito nei mesi primaverili o autunnali, cicli di conferenze e di proiezioni video ad argomento naturalistico (zoologia, biologia marina, antropologia, geologia, ecologia, ...). La partecipazione del pubblico è gratuita.
Notte dei Musei, Notte dei Ricercatori: ogni anno, a giugno e a settembre, le porte del Museo si aprono gratuitamente dalle ore 21.00 alle 24.00 per consentire la conoscenza di aspetti normalmente non accessibili al pubblico dell'attività scientifica condotta all'interno del Museo.
Mostre temporanee: Il curriculum del museo in tema di mostre è ormai molto ampio e si è sviluppato su diverse tematiche a partire dal 1983, anno in cui venne organizzata la sua prima esposizione temporanea, dedicata al Libro Naturalistico nelle bibliotece ferraresi. Brevi notizie sulle mostre allestite a partire dal 1999 (anno in cui venne messo on line il sito internet del Museo) sono elencate alla pagina
Archivio iniziative passate
Darwin Days: il Museo di Ferrara aderisce nel mese di febbraio di ogni anno alle manifestazioni che si svolgono in tutto il mondo in ricordo della nascita di Charles Darwin, affrontando i temi collegati all'evoluzione dei viventi e le implicazioni scientifiche, etiche e pratiche che essa comporta. Il "compleanno" di Darwin viene ricordato con mostre, conferenze, tavole rotonde, proiezioni cinematografiche e seminari.
Corsi per la cittadinanza: vengono organizzati in collaborazione con varie Associazioni culturali del ferrarese. Finora si sono tenuti corsi di speleologia, bird-watching, micologia, astronomia, erboristeria, fotografia naturalistica, biologia marina; negli ultimi tempi si sono aggiunti laboratori creativi (pittura, scultura...) per la rappresentazione di oggetti naturali.