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LOS INICIOS
En 1862 fue creada una cátedra de Historia Natural en la Universidad de Ferrara. Por aquel entonces la universidad pertenecía a la Administración Municipal y se estableció que las enseñanzas de la nueva cátedra tenían que valerse de un museo concebido a propósito. El núcleo alrededor del que el nuevo museo iba a desarrollarse era, en aquel tiempo, muy modesto, ya que consistía en la colección de minerales que el canónigo Antonio Marescotti había donado al preexistente Museo Cívico hacia la mitad del siglo XVIII y en unos ejemplares zoológicos procedentes de África, que el médico Elia Rossi, residente en Egipto, había enviado alrededor de 1850. En aquel tiempo las colecciones estaban encomendadas a Giuseppe Antonelli, guarda del Museo Cívico desde 1825. Él recopiló cuidadosamente un inventario, que enumera un total de 3222 ejemplares mineralógicos, de los que 535 donados por el mismo Antonelli, y de tan sólo 70 ejemplares zoológicos, además de 12 cajitas de insectos.
En 1864, el consejo municipal decidió confiar la dirección del nuevo museo, junto con la cátedra de Historia Natural, a Galdino Gardini, ya profesor en el "Bachillerato Regio" y en las "Escuelas Técnicas" de Ferrara. El 26 de mayo de 1872 se inauguró de forma solemne el Museo de Historia Natural de Ferrara en las piezas del ex Convento de las Mártires de la calle Roversella. El museo ocupaba tres salas y la dotación de materiales había aumentado de tal forma que podía documentar todos los principales aspectos de las ciencias naturales e iría ampliándose en los veinte años siguientes. Gardini se encargó de mantener unas relaciones constantes con los diferentes donantes y bienhechores (Elia Rossi, Angelo Castelbolognesi, Enea Cavalieri, Angelo Fiorini, Angelo Conti) y el museo pudo incrementar enormemente su patrimonio; bajo su dirección las colecciones del Museo aumentaron hasta contar con más de 74.000 ejemplares de zoología, mineralogía, geología, paleontología y etnografía.
DECADENCIA Y RECUPERACIÓN
Después de la jubilación de Gardini, en 1892, el Museo se cerró para el público, oficialmente para disponer un segundo inventario general. Mientras tanto, en 1923, con la "reforma Gentile", la Universidad Cívica se convertía en Estatal, mientras el Museo quedaba bajo la protección de la Municipalidad. En 1937, las colecciones, ya parcialmente desmembradas, fueron reunidas y trasladadas a una nueva sede en el centro de la ciudad, donde siguen estando hoy en día. El lugar es parte de una especie de "foro de la cultura", deseado con vehemencia por la administración fascista para responder a sus propias exigencias de prestigio. Tan sólo en la inmediata posguerra, cuando el cargo de la dirección le fue otorgado a Mario Francesco Canella, profesor universitario de Zoología y Anatomía comparada, el Museo recobró vitalidad. Canella nació en Venecia en 1898 y se formó como autodidacto, interesándose ávidamente por
distintas disciplinas. Dotado de un fuerte carácter y de tenaz voluntad, llegó a conquistar todas las etapas de la carrera universitaria. Sus ideas en el campo de la enseñanza le llevaron a concebir para el Museo una organización sobria pero eficaz, basada en los criterios de la clasificación natural. Hizo construir expresamente nuevos expositores, recuperó pacientemente todas las piezas ennegrecidas y ensuciadas por el tiempo y las integró con cuidadosas adquisiciones de nuevos ejemplares y modelos, algunos de gran impacto, como el calco del Plesiosaurio y el cráneo del Tiranosaurio; y no dejó de intercalar a los objetos fotografías, dibujos y diagramas. El "nuevo" Museo fue inaugurado en 1952 y Mario Francesco Canella gobernó el timón hasta 1978: la instalación actual sigue siendo, en gran medida, la que él concibió y llevó a cabo. La necesaria reestructuración del recorrido expositivo ha conservado una sección del museo de Canella, para transmitir el ejemplo de una identidad perseverantemente querida por su creador.
LOS AÑOS RECIENTES
Fausto Pesarini, naturalista y biólogo especialista en entomología, dirigió el museo hasta 2012. Desde que asumió como director en 1982, se inició el proceso de renovación de las estructuras y funciones del museo, que actualmente está en curso. En 1987, el museo inauguró su propia estación ecológica. Luego de una etapa inicial en la que gran parte del trabajo fue subcontratado, desde 1990 un biólogo dirige las actividades y los informes de la estación. En 1990 se nombró al curador zoológico de vertebrados y en 1996 se contrató al curador de geopaleontología para apoyarlo. Siguieron años de extensa investigación que llevaron a la organización de la sección didáctica con el objetivo de ayudar a las escuelas. La gestión directa de la sección didáctica resultó demasiado costosa, por lo que hoy en día estas actividades están dirigidas por contratistas externos especializados en este sector. Desde entonces, la importancia del museo ha crecido junto con el desarrollo de otras importantes iniciativas tanto en investigación como en publicación. El año 1999 fue particularmente importante para el Museo, ya que se inauguró la nueva exposición denominada "ambiente terra" que se centró en la evolución e interpretación del medio ambiente. Fue concebido y creado por el personal científico del museo según criterios innovadores para un museo. Además, el sitio oficial de Internet fue creado por el personal interno y dirigido en su totalidad por el Investigador de la estación ecológica. La nueva revista llamada "The Annals" fue lanzada oficialmente con artículos sobre zoología y geo-paleontología. Finalmente, en el mismo año, se inició una serie de cursos especializados sobre identificación taxonómica de los invertebrados. Iban dirigidas a suscriptores universitarios y postuniversitarios. Las actividades del museo siguen ampliándose para captar nuevos suscriptores a través de iniciativas dirigidas específicamente a los adultos. Los esfuerzos de colaboración están aumentando con otras instituciones importantes (Universidad, parques regionales) en los campos de la naturaleza y la ciencia en la región de Emilia-Romaña.
Actualmente, el Museo está dirigido por Stefano Mazzotti, quien también administra las colecciones de vertebrados zoológicos.